تقدم مدارس مدينة المعرفة برنامجها لمقررات التربية الإسلامية واللغة العربية والدراسات الاجتماعية للجغرافيا والتاريخ والوطنية ومقررات النشاط السلوكي والفني والبدني وفق المنهج الوطني السعودي المعتمد من قبل وزارة التعليم بالممكلة العربية السعودية وذلك حرصا من المدارس على تعزيز القيم الإسلامية النبيلة والانتماء الوطني العربي السعودي ، وذلك بتدريس المناهج وفق استرتيجيات التمكين المعرفي الحديثة.